立場堅明 始終追隨孫中山并肩戰斗
1916年初,袁世凱稱帝,伍廷芳堅決反對,踴躍加入了反對南北軍閥斗爭的行列,與孫中山為首的國民黨并肩戰斗。
1920年11月,伍廷芳追隨孫中山由滬返粵;重組軍政府,任總裁兼外交部長。12月,通告反對各國向北洋政府發放貸款。次年1月,伍廷芳又與孫中山通告廣州各國領事,聲明收回廣東海關管理權。1921年4月,孫中山重組中華民國政府,軍政府撤銷。伍廷芳被任命為外交部長。
1922年6月16日,陳炯明叛變,炮轟總統府,軟硬兼施,企圖拉攏伍廷芳父子反對孫中山,甚至派叛軍到伍家搗亂、限制其自由。在如此危難的時候,逃出火海的伍廷芳于次日冒險親赴楚豫艦謁見孫中山,表示堅持與孫中山合作,并通告各國駐廣州領事館嚴守中立。