2015年1月,北京市第二中級法院一審以故意殺人罪判處被告人李彥明死刑,緩期二年執行。真兇判刑,也為王本余徹底洗清冤屈。王本余錯案得以糾正,源于北京、內蒙古兩地檢察機關的不懈努力。　

　　1994年12月16日午后,內蒙古自治區包頭市東河區居民周建剛(化名)8歲的女兒周小琳(化名)去上學,但直到晚上也沒回來。家人四處尋找不見蹤影,于是報警。第二天,警方將有作案嫌疑的王本余抓獲歸案。1995年3月,偵查機關將該案移送審查起訴,包頭市檢察院辦案人員訊問王本余并走訪證人后,要求偵查機關補充偵查。該院認為,認定王本余奸淫的證據不足,要求補充技術鑒定;認定王本余犯罪的直接證據沒有,且不能排除李彥明的嫌疑,應傳訊李彥明查證核實。1996年11月,包頭市中級法院開庭審理此案。最終,法院以故意殺人罪判處王本余死刑緩期二年執行,以奸淫幼女罪判處其無期徒刑,決定執行死刑,緩期二年執行。　

　　2007年8月7日晚,北京市豐臺區大紅門西前街60號門外發生一起兇殺案,死者系37歲的女子楊某某。2012年2月13日,該案犯罪嫌疑人李彥明被北京警方抓獲。在審訊中,李彥明對殺害楊某某的犯罪事實供認不諱,同時還交代,1994年底在內蒙古包頭他和王本余合住的平房里,他殺了一個小女孩。李彥明的交代引起辦案機關高度重視。北京市檢察院二分院立即組成調查小組前往內蒙古調查。在對王本余案當年多本卷宗認真仔細研究后,調查組發現,王本余故意殺人案存在疑點。 

　　綜合全案證據,調查組認為,李彥明為了報復,將周小琳誤認為是崔某之女而殺害。王本余案也得到內蒙古司法機關高度重視。經過兩地溝通協調,2013年7月,在內蒙古服刑18年之久的王本余被釋放。2013年9月,包頭中級法院再審該案。再審認為,原審判決認定王本余犯故意殺人罪和奸淫幼女罪,直接證據僅有王本余的供述,沒有客觀證據印證,部分間接證據存在瑕疵,不能作為定案依據。檢察機關在再審中提交的李彥明供述和公安部物證檢驗意見書等證據,證明本案不能排除他人作案的可能性。王本余在李彥明告知其殺害周小琳后,仍幫助李彥明拋棄尸體并送李彥明逃離包頭,其行為構成包庇罪,且情節嚴重,依法應予懲處。據此,法院以包庇罪判處王本余有期徒刑三年(刑罰已執行完畢)。2013年11月,王本余獲得國家賠償150萬元。